ผู้หญิงที่กินยาปฏิชีวนะเป็นเวลานานมีความเสี่ยงต่อโรคหัวใจหรือหลอดเลือดสมองเพิ่มขึ้นจากการวิจัยในผู้หญิงเกือบ 36,500 คน ผู้หญิงที่มีอายุ 60 ปีขึ้นไปที่กินยาปฏิชีวนะเป็นเวลาสองเดือนขึ้นไปมีความเสี่ยงต่อโรคหลอดเลือดหัวใจมากที่สุด แต่การใช้ยาปฏิชีวนะก็มีความสัมพันธ์กันเช่นกัน ความเสี่ยงที่เพิ่มขึ้นหากดำเนินการในช่วงวัยกลางคน นักวิจัยไม่พบความเสี่ยงที่เพิ่มขึ้น

จากการใช้ยาปฏิชีวนะโดยผู้ใหญ่อายุระหว่าง 20-39 ปีเชื่อมโยงกับความเสี่ยงที่เพิ่มขึ้นของโรคหัวใจและหลอดเลือดเพราะยาปฏิชีวนะเปลี่ยนสมดุลของสภาพแวดล้อมขนาดเล็กในลำไส้ทำลายแบคทีเรียโปรไบโอติก “ดี” และเพิ่มความชุกของไวรัสแบคทีเรียหรือจุลินทรีย์อื่น ๆ ที่อาจทำให้เกิดโรค การใช้ยาปฏิชีวนะเป็นปัจจัยที่สำคัญที่สุดในการปรับสมดุลของจุลินทรีย์ในกระเพาะอาหารการศึกษาก่อนหน้านี้ได้แสดงความเชื่อมโยงระหว่างการเปลี่ยนแปลงในสภาพแวดล้อมทางจุลชีววิทยาของลำไส้และการอักเสบและการลดลงของหลอดเลือดโรคหลอดเลือดสมองและหัวใจ